Соскоб из мочеиспускательного канала обычно исследуют при подозрении на развитие уретрита, вызванного микроорганизмами, передающимися половым путём (Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia spp., Mycoplasma spp., Ureaplasma spp., Trichomonas spp.). Соскоб берут из ладьевидной ямки посредством вращения в ней зонда по спирали в течение 10–12 с. Соскоб из мочеиспускательного канала следует брать не ранее, чем через 1 ч (идеально — через 4 ч) после мочеиспускания. Полученный материал окрашивают по Граму и используют для культуральных (посев на специальные среды) или некультуральных [метод прямой иммунофлюоресценции, иммуноферментый анализ (ИФА) и полимеразная цепная реакция (ПЦР)] методов исследований.
Обнаружение более 4 полиморфно-ядерных лейкоцитов в поле зрения при микроскопии мазка, окрашенного по Граму (увеличение ×1000), позволяет подтвердить диагноз уретрита. Выявление внутриклеточных грамотрицательных диплококков подтверждает диагноз гонореи. Информативность микроскопического исследования мазка, окрашенного по Граму, в диагностике гонококкового уретрита может быть чрезвычайно высокой, достигая 99% специфичности и 95% чувствительности. Наиболее высокоинформативной методикой выявления антигенов Neisseria gonorrhoeae считают исследование мазка с использованием ПЦР.
С целью выявления Chlamydia trachomatis и других возбудителей негонококковых уретритов проводят посев соскоба на специальные среды (например, для обнаружения бактерий рода Chlamydia материал сеют на куриные эмбрионы). Разработаны и используются различные некультуральные методы диагностики возбудителей негонококковых уретритов: метод прямой иммунофлюоресценции, ИФА (специфичность — 98%, чувствительность — 81%) и ПЦР. Эти методы позволяют получить результаты в течение 24 ч.